მის აშენებას VIII-IX საუკუნეებში ქართველი წმინდანის სერაპიონ ზარზმელის სახელს მიაწერენ.
ამ ეკლესიის შესახებ ასეთი ლეგენდა არსებობს: სოფლის მოსახლეობა ამ ადგილას ბერებს - სერაპიონსა და მის ძმას - იოანეს მონასტრის აშენების უფლებას არ აძლევდა და არც მამა სერაპიონის სიტყვებს არ უსმენდა. სერაპიონის თქმით, თუ ამ ადგილას ეკლესია არ აშენდებოდა, სოფელი განადგურდებოდა. ერთ ღამესაც სასწაული მოხდა: მიწა იძრა, კლდე გაიპო და მღვრიე ტბა გადმოვიდა, რამაც დაბა და წისქვილი წაიღო. ასე ახდა წმინდა სერაპიონის წინასწარმეტყველება. შეშინებულმა ხალხმა კი ამ ადგილს ზარზმა უწოდა.
იმდროინდელ ნაგებობას ჩვენამდე არ მოუღწევია. ტაძარი კი XIV საუკუნის დასაწყისში ხელახლა ააგეს. თუმცა ჩვენამდე ზარზმის ფერისცვალების უძველესმა ხატმა მოაღწია, რომელიც ქართული ჭედური ხელოვნების ერთ-ერთი მნიშვნელოვანი ნიმუშია და ამჟამად შ. ამირანაშვილის სახელობის ხელოვნების მუზეუმშია დაცული.
საინტერესოა ტაძრის მოხატულობაც, სადაც ფრესკების გვერდით სამცხის დიდგვაროვანთა და XVI საუკუნის ისტორიულ პირთა პორტრეტებსაც ნახავ. აღსანიშნავია, რომ ზარზმის მონასტრის სამრეკლო საქართველოში უდიდესია.
XX საუკუნეში ზარზმის ეკლესიას, სამრეკლოსა და კედლის მხატვრობას რესტავრაცია ჩაუტარდა.