ღვთისმშობლის შობის სახელობის ეს ეკლესია, რომელსაც მეტეხის ეკლესიას უწოდებენ, XIII საუკუნეში მეფე დემეტრე II-მ ძველი შენობის ფუნდამენტზე დააშენა. ფუნდამენტი კი ვახტანგ გორგასლის, დიდი ქართველი მეფის მიერ 480 წელს აგებულ ეკლესიას ეკუთვნოდა. ამიტომ სწორედ ამ ეკლესიის ეზოშია ცხენზე ამხედრებული ვახტანგ გორგასლის მონუმენტური ძეგლი.
XII საუკუნეში, თამარ მეფის დროს აქ სამეფო ციხესიმაგრე და ეკლესიაც ყოფილა.
სამწუხაროდ, 1819 წელს, რუსეთის იმპერიის გენერლის - ერმოლოვის ბრძანებით, მეტეხის ძველი ციხესიმაგრე დაანგრიეს და მის ნაცვლად საპყრობილე ააგეს. იმ დროს ეკლესიაც საკმაოდ შეიცვალა; ყოფილ პატიმართა მიერ სხვადასხვა წლებში ამოკაწრული სახელები და თარიღები ეკლესიის ფასადზე დღემდეა შემორჩენილი.
სატუსაღო კომუნისტური მმართველობის დროს, 1933 წელს დაანგრიეს. 1937 წელს საბჭოთა ბელადებმა ეკლესიის დანგრევაც განიზრახეს, თუმცა დიდი წინააღმდეგობის გამო გადაიფიქრეს.
მოგვიანებით ეკლესიამ თავისი ფუნქცია დაიბრუნა და 1988 წლიდან აქ საეკლესიო მსახურება აღდგა. ეკლესია დღემდე მოქმედია.