ეკლესიას სამი მხრიდან მინაშენი აქვს. ჩრდილოეთით და სამხრეთით მდებარე მინაშენები სწორკუთხა სარკმლით ნათდება. შთამბეჭდავია სარკმლების ლილვოვანი ჩარჩოები. დასავლეთის მინაშენს კი შესასვლელი აქვს. სამხრეთით გახსნილია ორი თაღი, რომლებიც სვეტის კაპიტელსა და კედლების იმპოსტებს ეყრდნობა. ორსაფეხურიან ცოკოლზე აშენებული ნაგებობა დარბაზული ტიპისაა, თლილი შირიმის კვადრებითაა ნაგები და კამარითაა გადახურული. შესასვლელი ეკლესიას სამხრეთიდან აქვს. მისი მოჩუქურთმებული ხის კარი კი XI საუკუნით თარიღდება.
ტაძრის ინტერიერი მთლიანად მოხატულია, თუმცა დღეს ფრესკების უმეტესობას პირვანდელი სახე დაკარგული აქვს. დარბაზის აღმოსავლეთით ნახევარწრიული შვერილი აფსიდია.
ფხოტრერის მთავარანგელოზთა ტაძარში XII-XIV საუკუნეების ფერწერული ნამუშევრები და ათამდე ხატია დაცული.