VI საუკუნეში ქართლის ერისმთავარმა გუარამმა ჯვართან პატარა ეკლესია ააგო, ხოლო 585-604 წლებში მისმა შვილმა სტეფანოზ I-მა ჯვარგუმბათოვანი ტაძარი აღმართა - დღევანდელი ჯვარი, რომელიც ზედ გადაეხურა ხის ჯვარს. ძველი კვარცხლბეკი კი დღემდეა შემორჩენილი.
ტაძრის შესახებ ინფორმაციას გვაწვდის მის კედლებზე არსებული ასომთავრული წარწერები, რომელიც, ბოლნისის სიონის ტაძრის წარწერების შემდეგ, ქართული დამწერლობის უძველესი ნიმუშია.
ფრესკებზე სტეფანოზ I და მისი ოჯახის წევრები არიან გამოსახულნი, თუმცა ჯვრის მონასტრის ხუროთმოძღვრის სახელი უცნობია.
მცხეთის ჯვარი პირველი ქართული არქიტექტურული ძეგლია, რომელიც იუნესკომ მსოფლიო მემკვიდრეობის სიაში შეიტანა.
ამ ტაძარმა დაუდო სათავე საქართველოში ჯვარ-გუმბათოვანი ეკლესიების მშენებლობას.
1996 წლიდან, ჯვრის ტაძრიდან რამდენიმე კილომეტრში, მამათა მონასტერი ფუნქციონირებს.