ტაძრის სახელწოდება ქართველთა განმანათლებლის, წმინდა ნინოს სახელთანაა დაკავშირებული, რომელმაც ჩვენს ქვეყანაში ქრისტიანობა იქადაგა.
ნინოწმინდის კომპლექსის მთავარი შენობა VI საუკუნის 50-75-იან წლებში უნდა იყოს აგებული, თუმცა ტაძარი მრავალგზის დანგრეულა და თავიდან აღდგენილა.
აქ შემორჩენილია მხოლოდ საკურთხეველი, სადაც შემონახულია XVIII საუკუნის ღვთისმშობლის ფრესკა - მთავარანგელოზებთან ერთად და ასევე მოციქულთა ფრესკები. ეკლესიის კედლებზე ხუცურ და ლათინურ წარწერებსაც ვხვდებით. ტაძრის ეზო კი გარშემორტყმულია XVIII საუკუნის მაღალი, კოშკებიანი გალავნით. ეზოში XVI საუკუნის სამრეკლოა აღმართული.
კომპლექსს ძველი დროიდან გარს ერტყა დიდი გალავანი, რომელშიც ომიანობის დროს ადგილობრივი მოსახლეობის თავშესაფრად კოშკები იყო ჩატანებული. აღსანიშნავია, რომ ნინოწმინდის საეპისკოპოსო მეფეთა დიდი მხარდაჭერით სარგებლობდა. კათედრალს თავის დროზე დახმარებიან კახეთის მეფენი - ლევანი, ალექსანდრე და დავით I, ქართლის მეფენი - როსტომი და არჩილი.
მონასტერში მდიდარი წიგნსაცავი ყოფილა, რასაც ჩვენს დრომდე მოღწეული ხელნაწერები მოწმობს. XX საუკუნის ბოლოს ნინოწმინდაში სამონასტრო ცხოვრება განახლდა, ამჟამად აქ დედათა მონასტერი ფუნქციონირებს. 2003 წლიდან კი საგარეჯო-ნინოწმინდის ეპარქია აღდგა და აქვე განთავსდა როგორც ეპარქიის კათედრა, ისე ეპისკოპოსის რეზიდენცია.